第1集：明治十一年，东京下町。“神谷活心流”师范代的神谷薰，欺骗那个流派的名字的街头斩追赶着“刽子手拔刀斋”。有一天晚上，薰遇到了一个拿着刀走路的男人。马上追问男人，简直没有战斗的样子。“这就是那个刽子手拔刀斋？”薰惊讶的样子，男人自称是“流浪人”绯村剑心。

第2集：从欺骗神谷活心流的名字的街头斩骚动的解决开始一周。虽然神谷道场的污名已散，但薰的门生并没有增加的迹象。就在这时，路过的少年明神弥彦偷了剑心的钱包。剑心把钱包交给被偷走的自己不好的人。弥彦反对对孩子的施舍，但他有收集金钱的理由。

第3集：弥彦被剑心打动，决心从小偷那里洗脚。拒绝向关东集英组上缴而抵抗也被群殴，穷途末路。剑心进入助太刀，把事情收起来。弥彦后悔自己没能解决，希望自己变强。看到这一幕的剑心，带弥彦去了神谷道场。

第4集：在剑心、薰、弥彦拜访的牛肉火锅店“赤贝子”，喝醉了的自由民权运动的壮士们使议论白热化，扔了的铫子碰上剑心引起骚动。正好在店里的男子相乐左之助，看不下去站起来，用一枪打飞了民权壮士。左之助看穿了剑心的实力，表现出了兴趣。“你不买我打架吗？”

第5集：与轻松挥舞着巨大刀剑、斩马刀的左之助对决的剑心。剑心对以一击无法企及的异常打击强度而自豪的左之助，打进了连击。倒在地上的左之助。看来胜败已成定局。但是左之助在意识朦胧中，想起了对胜利执着的十年前赤报队的过去。

第6集：警察署长把委托带到剑心的身边。据说希望打倒瞄准原·维新志士反复斩杀的杀人鬼『黑笠』。剑心和左之助护卫在斩奸状中收到杀害预告的谷十三郎。上午一点，在预告的时刻出现的黑笠。其原形是从幕末时期开始以暗杀职业而闻名的流浪刽子手鹈堂刃卫。

第7集：刃卫知道了剑心在刽子手拔刀斋时期的强大，将薰作为人质煽动剑心的愤怒。展开壮烈战斗的两个人。但是刃卫认为剑心还没有恢复以前的力量，对薰施加了二阶堂平法“心之一方”，封锁了呼吸。离薰窒息死亡还有两分钟——剑心的愤怒达到了顶点。

第8集：左之助的朋友因过量摄取鸦片而丧命。但是鸦片是被禁止的毒品，而且买也很贵，是普通人买不到的东西。在疑惑着为什么的剑心和左之助面前，神秘的女人高荷惠出现了。击退想要抓住惠的武田观柳的私兵的剑心们。但是惠拿着鸦片……。

第9集：御庭番众之一的火男袭击了藏匿惠的神谷道场。用口吐火的必杀『火焰吐息』攻击剑心和左之助。对强有力的中位隐密的登场预料剑心们的败北的惠，打算从那个场合逃跑。薰挽留着那样的惠。“我是为了你而战斗的”这样说着，说要相信剑心的强大。

第10集：御庭番众的追捕者一周多没有出现，惠也开始与神谷道场的一行熟悉起来。但是只有左之助，不能理解让朋友死了的鸦片的制作者是惠的事实而焦躁着。有一天，惠突然不在了。虽然信上写着按照自己的意思离开的意思，但剑心等人不自然地走向了瞄准惠的武田观柳邸。

第11集：在观柳邸为了夺回惠而奔走的剑心、左之助、弥彦。阻挡在他们面前的是御庭番众的密探方般若。作为拳击家的实力和用『伸臂之术』玩弄剑心，不过，在战斗中暴露了术的秘密的剑心漂亮地攻略给大家看。被认为有胜负的时候，般若卸下自己的面具，露出惊愕的素颜。

第12集：剑心终于与御庭番众的头·四乃森苍紫对峙。幕府末期，因无血开城而没能战斗就结束了任务，失去了存在意义的异形战斗狂们=御庭番众。苍紫怀着遗憾，一心追求最强称号。作为曾经的维新志士，不能原谅没有大义之争的剑心。幕府末期以杀人为生的两人，赌上自尊心展开了激战。

第13集：观柳为了杀死剑心，瞄准了手下的御庭番众，用加特林枪下起了子弹之雨。在那次暴行之前，御庭番众运用各自的能力对抗加特林枪。在这一刻，他们和剑心的目的融为一体。剑心和御庭番众联手，挑战拥有压倒性力量的近代兵器。