这次的续作是两季 TV 动画的正统续篇，主角还是鲁鲁修本人，故事发生在第二季零之镇魂曲后的几年后，光和2年。世界以重组的超合集国为中心，讴歌着和平的每一天。 但是，和平突然要宣告结束。以面具男ZERO的身份，与娜娜莉同行去难民营慰问的朱雀败给了谜之Knightmare Frame。然后，二人被掳走了。 收到修奈杰尔的密令，潜入“战士之国”吉尔克斯坦王国的卡莲、洛伊德、咲世子遭到了谜之GEASS使用者的袭击。 而且，被袭击者称为“元向主大人”的C.C.也在那里。 以曾经击败过神圣布里塔尼亚帝国大军的无敌王国为舞台，人们所描绘出来的愿望..