第1集：19年前的大战结束后，地球始终没有复兴，继承早乙女研究所与盖特线研究的神隼人为了从神秘的敌人手中保护地球组织了D2部队。D2在强大敌人面前陷入苦战，虽然新的盖特机器人ARC已经做好，但拥有能驾驶它能力的驾驶员只有神威一个人，他们还需要另外两名驾驶员。另一边，为了替母亲报仇的流拓马循着线索，与搭档山岸貘一起前往早乙女研究所。

第2集：拓马在早乙女研究所见到神隼人，隼人要求拓马和貘跟神威一起驾驶ARC。虽然拓马还没有找到关于害死母亲的仇人的线索，但命运的齿轮已经开始快速转动。用拳头互相理解，拓马和神威快速建立起友谊，新的盖特团队就此诞生。此时，早乙女研究所的上空突然出现时空穿梭的裂缝，敌人的大军从那里向他们进攻。尽管D2部队已经出动，但迟迟没办法成功合体的拓马他们只能在早乙女研究所观战。

第3集：虫子军团以压倒性的数量包围早乙女研究所。隼人在敷岛博士的防御系统启动的同时，命令拓马、神威、貘的盖特机器跟着出动，让ARC投入战场。在敌人与伙伴的炮火猛烈交锋的战场上，拓马、神威、貘出动了。三人如同隼人所想，仿佛在享受艰难的战况似的，充满活力与热情，以超乎想像的行动消灭敌人。在虫子军团消失的天空中，一道立体图像穿越时空投影过来，那就是拓马一直在寻找的杀母仇人麦克唐诺的人像。

第4集：睡不着的晚上，拓马、神威、貘各自从自己的寝室出来，在深夜的研究所里游走。隼人在早乙女博士的盖特线研究过程中凭着本能查出敌人的空间移动系统的线索。在研究所里走来走去的亡灵们，不祥的黑暗夜晚，敌人的陷井正在蠢蠢欲动。拓马、貘、神威仿佛就像被什么人邀请一样在旧研究所区域的门前集合。

第5集：拓马、神威和貘在看到19年前幻影的同时，现实中也有一只女王蜂潜入研究所并操控大量的虫子军团展开进攻，它们的目标是藏在研究所深处的盖特龙。信道全都被昆虫大军堵住，拓马等人好不容易坐上ARC，却因为防御系统孔雀被敌人占领，让他们一出动就被击落。拓马等人凭着天才的毅力重新站起来。

第6集：从联军来访的橘翔补强了受损严重的早乙女研究所的战力，拓马、神威、貘接下其他任务前往印度外海。同一时间，联军决定对出现在夏威夷外海的敌人巨大转移信道展开大规模攻击，但是却失败了。散布在全世界的追踪者也开始进行时空转移，派昆虫大军袭击地球。

第7集：拓马、神威、貘抵达的地方是恐龙帝国。过去互相敌对的地表人类与爬虫人类，在安多罗美达流国的威胁之下携手合作。在恐龙帝国翰博士的帮助之下，“侏罗之死作战”的准备工作正在进行中，少了ARC的地表联军陷入苦战。但是，仿佛是为了弥补这个空缺的不明“黑色真盖特”出现在战场上掩护联军。自从抵达恐龙帝国之后，神威似乎一直在阿谀奉承哥尔3世，拓马说出了他真正的想法。

第8集：在“侏罗作战”开始执行前，ARC小组必须按照恐龙帝国的指挥作战。尽管有所不满，但又在意神威真正的想法，拓马只能服从命令。另一边橘翔为了确认黑色真盖特的真面目前往战场。恐龙帝国为了祈祷“侏罗作战”成功要举办出征仪式。从翰博士那里得知神威过去的拓马，拟定一个可以让神威和母亲毫无顾虑，光明正大见面的计划。

第9集：机器陆地受到安多罗美达流国的攻击，孔明的奈米机器分身潜入内部，挡住拓马、神威和貘的去路。神隼人决定立刻执行侏罗之死作战计划。神威在拓马和貘的掩护之下，抱着必死的决心赶去抢救ARC。盖特同盟军被昆虫大军攻击得体无完肤。翰博士开发的穿越时空装置索鲁德被破坏的话，就没办法把ARC传送到异次元的另一端。眼看索鲁德就要被昆虫大军摧毁时，黑色真盖特现身了。

第10集：一望无际的沙漠。穿越时空成功了吗？带着直升机部队的巴武藏出现在ARC面前，搞清状况的同时昆虫大军现身了。拓马他们理解到自己被送到“外星的圣战”的战场上。拓马等人对冷血的武藏行动感到难以掩饰的困惑。被武藏请到母舰上的拓马他们得知盖特进化所带来的恐怖宇宙历史。为了逼出安多罗美达流国潜伏的部队，武藏开始进行随机炮击。摆脱犹豫，拓马他们坐上ARC。

第11集：从达维安行星逃离的安多罗美达流国宇宙船上传着拓马的杀母仇人马克多纳鲁多。对百鬼帝国的残党马克多纳鲁多来说“盖特”是布莱大帝的仇人，而对安多罗美达流国来说“盖特”是蹂躏宇宙的罪魁祸首，一定要消灭才行。所有人寄托着各自的回忆，展开最后的正面对决。为了打开宇宙船的舱门只身潜入的神威遇上马克多纳鲁多，对方提出意想不到的请求。

第12集：与安多罗美达流国战斗的过程中，神威迷失在宇宙空间。另一边，为了逃离敌人的自爆，驾驶ARC穿越到不明地点的拓马和貘，漂浮在不可思议的空间。神威、貘、拓马。三人看见同样的未来，却因为过去的背景走上不同的道路。安多罗美达流国的攻击停止后，神隼人在被关闭的早乙女研究所等待他们的归来。即使打倒共同的敌人，双方也无法互相接纳，隼人已经预料到会有新的冲突发生。

第13集：拓马和神威在变成断垣残壁的都市上空对峙。同样渴望和平的两个人，在阴错阳差之下被迫彼此互相对抗。在不可避免的战斗前方等待他们的结局是……