一只巨大的宝可梦，突然凭空降落在正在旅行的小智一行人面前！在因为冲击而扬起的尘土中现身的，是幻之宝可梦——波尔凯尼恩。与被人类伤害过的宝可梦们，一起生活在远离人烟的尼贝尔高原（ネーベル高原）的波尔凯尼恩，其实非常讨厌人类。 虽然波尔凯尼恩不想理会小智等人，匆于离开他们的身边，但不知为何竟然连小智也一起带走。奔跑的波尔凯尼恩与被拉着的小智，原来他们俩不知晓得什么时候，被一道神奇的锁链绑在一起。这下子，就算他们想分也分不开了。无可奈何的波尔凯尼恩，只有一边拉着小智，一边飞奔跑至阿佐特王国（アゾット王国）。 另一方面，拥有不停转动的巨大齿..